Organisation du MCIA¶
Le Mésocentre de Calcul Intensif Aquitain est organisé autour de trois entités :
- Table of contents
- Organisation du MCIA
- Historique du HPC sur le site de Bordeaux
Direction des Systèmes d'Information de l'Université de Bordeaux¶
La DSI de l'Université de Bordeaux héberge les ressources du Mésocentre, notamment le supercalculateur, ainsi que les personnels qui en assurent le bon fonctionnement. Elle oeuvre afin d'en améliorer la disponibilité et est garante de la sécurité des matériels à sa charge.
Comité scientifique¶
Animé par le responsable scientifique du Mésocentre, ce comité est composé de correspondants des laboratoires des établissements partenaires.Il se réunit aussi souvent que nécessaire et a comme missions principales de :
- s'assurer de la bonne utilisation des ressources
- évaluer l'activité scientifique du Mésocentre et de produire des rapports d'activités
- stimuler l'animation autour des activités de la communauté d'utilisateurs du Mésocentre
- organiser la communication interne et externe du Mésocentre
Animateur : Luc Mieussens
Composition du comité scientifique
Baraille Isabelle IPREM-ECP Isabelle.baraille@univ-pau.fr
Carbonnière Philippe IPREM-ECP / CECAM GSO philippe.carbonniere@univ-pau.fr
Carlier Dany ICMCB dany.carlier@icmcb.cnrs.fr
Catoire Fabrice CELIA fabrice.catoire@celia.u-bordeaux.fr
Commenges Daniel ISPED Daniel.Commenges@isped.u-bordeaux2.fr
Coulaud Olivier INRA Olivier.Coulaud@inria.fr
Delage Stéphanie IPRA-LMAP stephanie.delage@univ-pau.fr
Depouilly Philippe IMB Philippe.Depouilly@math.u-bordeaux.fr
Elezgaray Juan CBMN juan.elezgaray@u-bordeaux.fr
Franc Alain INRA alain.franc@inra.fr
Glockner Stéphane I2M glockner@enscbp.fr
Irvine Mark ISPA irvine@bordeaux.inra.fr
Joliot Marc IMN marc.joliot@u-bordeaux.fr
Lucchesi Carlo Institut Bergonié c.lucchesi@bordeaux.unicancer.fr
Méreau Raphael ISM raphael.mereau@u-bordeaux.fr
Mieussens Luc IMB Luc.Mieussens@math.u-bordeaux1.fr
Miqueu Karinne IPREM karinne.miqueu@univ-pau.fr
Nikolski Macha CBiB macha@labri.fr
Poncet Philippe UPPA philippe.poncet@univ-pau.fr
Ramet Pierre LaBRI ramet@labri.fr
Rousseau Sylvie OASU sylvie.rousseau@u-bordeaux.fr
Thiébaut Rodolphe ISPED rodolphe.thiebaut@isped.u-bordeaux2.fr
Vignoles Gérard LCTS vinhola@lcts.u-bordeaux.fr
Yildizoglu Murat GREThA murat.yildizoglu@u-bordeaux.fr
Comité des utilisateurs¶
Composé des personnels de la DSI administrant les matériels et de représentants scientifiques et techniques des différents partenaires et laboratoires membres.Ce comité a comme missions principales de :
- faciliter les échanges et l'expression des besoins de la communauté du Mésocentre
- s'assurer du bon fonctionnement des différents équipements mis en place
- proposer au comité scientifique toute évolution technique judicieuse
- promouvoir et faciliter l'accés aux très grands équipements nationaux et européens
- produire des indicateurs d'usage
- faciliter la production et la diffusion auprès des utilisateurs des documents techniques utiles à l'utilisation des moyens de calcul
Animateur : Philippe Poncet / philippe.poncet@univ-pau.fr / 05.40.17.52.85
Composition du comité des utilisateurs
Gay Pierre DSI UB pierre.gay@u-bordeaux.fr
Nguyen Ky Nguyen DSI UB nguyen.nguyen-ky@u-bordeaux.fr
Aurel Philippe ISM philippe.aurel@u-bordeaux.fr
Bachau Henri CELIA bachau@celia.u-bordeaux1.fr
Begué Didier IPREM didier.begue@univ-pau.fr
Benaben David CBiB david.benaben@u-bordeaux.fr
Bergmann Michel IMB Michel.Bergmann@math.u-bordeaux1.fr
Bordat Patrice IPREM patrice.bordat@univ-pau.fr
Courtand Gilles INCIA gilles.courtand@u-bordeaux.fr
Delalande Christophe IMN christophe.delalande@u-bordeaux.fr
Facq Laurent IMB laurent.facq@math.u-bordeaux1.fr
Frigerio Jean-Marc BioGeCo Jean-Marc.Frigerio@pierroton.inra.fr
Geneste Nathalie EPOC nathalie.geneste@u-bordeaux.fr
Genuer Robin ISPED Robin.Genuer@isped.u-bordeaux2.fr
Glockner Stéphane I2M glockner@enscbp.fr
Hertzberg Jacques Dir. Numérique UPPA jacques.hertzberg@univ-pau.fr
Khadra Khodor IMB Khodor.Khadra@math.u-bordeaux1.fr
Laizet Yec'han Institut Bergonié y.laizet@bordeaux.unicancer.fr
Le Bris Vincent Dir. Numérique UPPA vincent.lebris@univ-pau.fr
Le Gal Bertrand IMS bertrand.legal@enseirb-matmeca.fr
Marieu Vincent EPOC vincent.marieu@u-bordeaux.fr
Méreau Raphael ISM raphael.mereau@u-bordeaux.fr
Odunlami Marc Dir. Numérique UPPA marc.odunlami@univ-pau.fr
Poncet Philippe IPRA-LMAP philippe.poncet@univ-pau.fr
Rousseau Sylvie LAB Sylvie.Rousseau@obs.u-bordeaux1.fr
Rue François INRA francois.rue@inria.fr
Taib Nada CBMN n.taib@cbmn.u-bordeaux.fr
Tran Cong Kevin Institut Bergonié k.tran@bordeaux.unicancer.fr
Historique du HPC sur le site de Bordeaux¶
La simulation numérique a connu un très fort développement à l’Université de Bordeaux depuis une vingtaine d’années. Dès 1993 apparait la nécessité de regrouper les moyens de calcul de plusieurs laboratoires dans un centre de calcul. Le Pôle MNI (Modélisation Numérique Intensive) dirigé par Pierre Charrier remplira cette fonction, jusqu’en 1998, pour plusieurs laboratoires de Chimie, de Physique et de Mathématiques Appliquées. Ce centre de calcul avait au moment de sa création des calculateurs Cray J916 et T3E. L’élargissement des acteurs du calcul intensif et le besoin d’une plateforme viable de niveau intermédiaire, i.e. entre les centres nationaux (IDRIS, CINES) et les laboratoires, conduira ensuite à la création du Pôle M3PEC (Modélisation Microscopique et Mésoscopique en Physique, en Environnement et en Chimie) animé par Samir Matar. En 2002 un supercalculateur IBM p690 (32 processeurs et 64 Go de mémoire) a été acquis, ce qui a permis de consolider la communauté scientifique du campus Bordeaux 1. Forts de cette nouvelle dynamique, l’Action Concertée Incitative du MRNT pour la création de Mésocentres Régionaux et un cofinancement assuré en grande partie par la Région Aquitaine ont assuré la poursuite du développement du centre de calcul. Sur le plan de l’ouverture ceci impliquait la satisfaction de besoins croissants avec les nouvelles structures (IECB, CELIA, LaBRI) et surtout une ouverture très forte au-delà du campus de Bordeaux 1 en intégrant les partenaires naturels en Aquitaine que sont les autres universités Bordelaises, en particulier l’Université Bordeaux 2 et l’Université de Pau et des Pays de l’Adour. Les Ecoles d’Ingénieurs bordelaises qui intègrent un enseignement au calcul parallèle ont alors la possibilité d’accéder aux machines du Pôle dans le cadre d’un cursus bien défini.
Le supercalculateur installé en 2006 était un IBM p575 offrant pour les applicatifs en interactif 1 noeud de 16 processeurs cadencés à 1.9 GHz et 64 Go de mémoire ; les calculs impliqués servant essentiellement de validation aux travaux en traitement par lots. Ces derniers disposant de 14 noeuds de 16 processeurs chacun, cadencés à 1.5 GHz et avec 32 Go de mémoire, soit un total de 224 processeurs délivrant une puissance de crête globale de 1.34 Tflops et pouvant accéder à 448 Go de mémoire distribuée.
En 2010, pour répondre aux besoins croissants d’une communauté scientifique toujours plus large, le Pôle M3PEC devient le MCIA (Mésocentre de Calcul Intensif Aquitain) et diversifie ses services et moyens de calcul (Grille et cluster). Porté par l’ensemble des établissements Aquitains, ce projet a l’ambition de donner une véritable dimension régionale au Mésocentre. Ainsi, il ne se limite pas à la simple mise à disposition d’équipements mais vise :
- La mise en place d’actions impliquant l’ensemble des acteurs pour favoriser le développement de la recherche dans l’ensemble des domaines concernés par la simulation numérique.
- L’aide aux transformations que doivent opérer de petites ou moyennes entreprises d’Aquitaine confrontées à des problématiques de plus en plus complexes.
- La stimulation des échanges et transferts de compétences au sein d’une vaste communauté par l’organisation d’évènements favorisant les échanges.
Ce projet prévoyait notamment l’acquisition d’un supercalculateur et c’est la solution proposée par les sociétés Clustervision/DELL qui a été sélectionnée en avril 2011. Ce nouveau supercalculateur de 3168 cœurs fournissant 39 Tflops de puissance de calcul a été inauguré et mis en service lors d'une journée scientifique qui s'est tenue à Bordeaux le 25 novembre 2011.