Utiliser la solution¶
Droit d'accès¶
Tout utilisateur du Mésocentre a accès à l'instance iRODS.
Cependant, il est indispensable de créer un mot de passe spécifique pour accéder à iRODS: Modifier-ou-créer-son-mot-de-passe-iRODS
Pour les nouveaux utilisateurs, il suffit de s'inscrire (via la procédure d'inscription du mésocentre): Cluster Curta Comptes_Utilisateurs
Les paramètres de connexion¶
Documentation officielle iRODS: https://docs.irods.org/master/system_overview/configuration/#irodsirods_environmentjson
La commande iinit permet de configurer automatiquement l’environnement utilisateur et demande les informations minimales ci-dessous.
Soit dans le fichier ~/.irods/irods_environment.json ou via une interface graphique, il faut renseigner au minimum les informations suivantes:
irods_host=icat1.mcia.fr# Le serveur central (catalogue) de la solution iRODSirods_port=1234# Port réseau (TCP) de la solution (1247 par défaut)irods_user_name=<login># Nom d'utilisateur (identique à Curta)irods_zone_name=MCIA# Zone iRODS à utiliser ("MCIA")
On peut également définir d'autre paramètres mais ceux par défaut conviennent tout à fait.
Le mot de passe sera stocké brouillé dans ~/.irods/.irodsA par iinit ou, à défaut, demandé à chaque commande.
Exemple de fichier de configuration finale:
$ cat ~/.irods/irods_environment.json
{
"irods_host": "icat1.mcia.fr",
"irods_port": 1247,
"irods_user_name": "<login>",
"irods_zone_name": "MCIA",
"irods_client_server_negotiation": "request_server_negotiation",
"irods_encryption_algorithm": "AES-256-CBC",
"irods_encryption_key_size": 32,
"irods_encryption_num_hash_rounds": 16,
"irods_encryption_salt_size": 8,
"irods_ssl_verify_server" : "host"
}
Clients¶
Un client est indispensable pour accéder à iRODS.
Vous pouver utiliser un client déjà installé par exemple sur Curta, ou utiliser un client listé (non exhaustif) ici: https://irods.org/clients/
Ligne de commande (irods-icommands)¶
Note importante : dans certains contextes, il arrive que les iCommandes (iget,iput,irsync, ...) fassent des erreurs bizarres et ne fonctionnent pas. Dans ce cas, il faut ajouter l'option '-N 0' (ex: iget -N 0 monFichier ) pour désactiver le traitement parallèle, ce qui en pratique ne semble pas nuire aux performances. Nous investiguons pour essayer de régler ce problème.
C'est le client que nous privilégions.
L'interface en ligne de commande est constituée des iCommands: https://docs.irods.org/master/icommands/user/.
On retrouve les commandes de base:
iinit # Configuration de son environnement ils # lister le contenu d'un répertoire iput # Copier un fichier sur iRODS iget # Récupérer un fichier depuis iRODS imkdir # créer un répertoire icd # changer le répertoire courant ipwd # afficher le chemin courant imv # déplacer icp # copier irm # supprimmer irsync # synchronisé [..]
On peut lire quelques commentaires en français pour leur utilisation sur la page wiki du MCIA dédiée: ICommands
Installation¶
Téléchargez les paquets officiels pour CentOS/Ubuntu ou les sources via: https://irods.org/download/
Ou reportez vous à la page wiki dédié: Installation_ICommands
Depuis le cluster de calcul du MCIA Curta¶
Les iCommands sont directement accessibles en chargeant le module correspondant:
module load irods/mcia2
Initialisez ensuite simplement votre environnement:
iinit
Client graphique Brocoli¶
Une application graphique développée rien que pour vous! https://github.com/mesocentre-mcia/brocoli
Installation sous Linux avec droits d'administrateur:
pip install brocoli
Sans droits administrateur:
pip install brocoli --user
La configuration et l'utilisation sont décrites ici: https://github.com/mesocentre-mcia/brocoli
La configuration pour se connecter à l'instance iRODS du MCIA devrait ressembler à ceci:
python-irodsclient¶
iRODS dispose d'une API Python. Site web: https://github.com/irods/python-irodsclient
Pour l'installer:
pip install python-irodsclient
Vous pouvez ajouter l'option "--user" pour une installation personnelle ou bien "--target=<path>" pour installer dans un répertoire précis.