Environnement¶
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.bashrc¶
Les fichiers .bashrc et .bash_profile placés dans chaque home des utilisateurs, permettent de personnaliser automatiquement son environnement. Il est ainsi possible de configurer son prompt, définir des alias/variables d’environnement et charger des modules.
Cette personnalisation peut être la cause d’erreur. Il est conseillé de rester minimaliste dans le chargement de modules et la définition de variable d’environnement afin de maitriser totalement votre environnement. En cas d’erreur constatée sur l’exécution de certains logiciels communs ou sur les notebooks Jupyter, il faut réadapter les fichiers de configuration bashrc/bash_profile.
Modules¶
Les modules permettent de configurer votre environnement utilisateur pour utiliser des logiciels dans des versions spécifiques. La version installée est :
$ module --version Modules Release 5.4.0 (2024-02-20)
Aide¶
- https://modules.readthedocs.io/en/latest/
module help
Utilisation¶
- Pour voir tous les environnements logiciels disponibles (
ou module aven raccourci):
$ module avail
$ module av
------------------------------------------------- /softs/modulefiles --------------------------------------------------
cfd/starccm+/17.02.07 devel/vscode/4.95.2 mpi/openmpi/5.0.5 spack/openmpi/2.1.6
cfd/starccm+/19.04.009 lib/boost/1.86 nvidia/cuda/12.6.2-560.35.03 tools/irods
codes/FDS/FDS6.9.1 lib/eigen/3.4.90 nvidia/nvhpc/24.11
compilers/gcc/14.2.0 lib/gperftools physics/paraview/5.13.1
compilers/intel/2025.0.0 lib/mkl/2025.0.0 physics/paraview/5.13.2_src
compilers/intel/all_tools_2025.0.0 lib/petsc/3.21/dbg/ompi_gcc14 profilers/likwid/5.3.0
containers/apptainer/1.3.5 lib/petsc/3.21/opt/ompi_gcc14 profilers/pcm/202409
devel/cmake/3.30.5 lib/pmix/5.0.3 spack/flex/2.6.4
devel/go/1.23.2 lib/ucx/1.17.0 spack/gcc/14.2.0
devel/python/3.12.7 medical/slicer/5.6.2 spack/openfoam-org/11
devel/python/Anaconda3-2024.10-1 mpi/intelmpi/2025.0.0 spack/openfoam/2312
Key:
loaded modulepath
- Pour charger un module, c'est-à-dire configurer votre environnement pour l'utilisation d'une version d'un logiciel :
bash $ module load LOGICIEL/VERSION Pour décharger un module :
$ module unload LOGICIEL/VERSIONPour lister tous les modules chargés (
ou module lien raccourci):
$ module list
- Pour décharger tous les modules :
$ module purge
- Pour avoir une description courte d'un module :
$ module whatis LOGICIEL/VERSION
- Pour voir l'aide d'un module :
$ module help LOGICIEL/VERSION
- Pour voir les variables et les actions réalisées par la commande :
$ module show LOGICIEL/VERSION
- Point d'attention important :
- outils de développement (compilateurs), librairies MPI : Par défaut, aucun module n'est chargé dans votre environnement.
- Si vous voulez utiliser certains compilateurs ou une librairie MPI, vous devez charger le module adéquat.
Collections de modules¶
module permet de gérer une collection pouvant être (re)chargé par la suite ;
les sous-commandes à utiliser pour les collections : module save COLLECTION_NAME ; module restore COLLECTION_NAME ; module saveshow COLLECTION_NAME ; module saverm COLLECTION_NAME.
Créer sa collection :¶
- Charger plusieurs librairies dans son l'environnement
$ module add devel/cmake/3.30.5 compilers/gcc/14.2.0 mpi/openmpi/5.0.5 lib/petsc/3.21/dbg/ompi_gcc14
- Sauvegarder l'environnement
$ module save gcc14-opmpi-wpetsc321
Réutilisation de la collection¶
$ module purge
$ module restore gcc14-opmpi-wpetsc321
Loading tools/irods
Loading devel/cmake/3.30.5
Loading compilers/gcc/14.2.0
Loading lib/ucx/1.17.0
Loading lib/pmix/5.0.3
Loading mpi/openmpi/5.0.5
Loading lib/petsc/3.21/dbg/ompi_gcc14
commandes¶
module savelist [-l]: liste les collection enregistréesmodule saveshow COLLECTION_NAME: affiche les commandes exécutées parmodulemodule saverm COLLECTION_NAME: détruit la collection