FS iRODS¶

• Contenu
• FS iRODS
  • Prérequis
  • Utilisation d'iRODSFS
    • Montage
    • Démontage
  • Précautions
  • Limitations

L'espace de stockage MCIA iRODS n'est pas intégré à Curta cependant grâce à lui, un utilisateur peut obtenir un montage réseau d'iRODS sur la frontale de Curta et ainsi accéder à ses donnes distantes avec les commandes Linux usuelles.

Ce montage permettra de faciliter la consultation des données stockées sur iRODS

Prérequis¶

Afin d'utiliser iRODSFS, vous devez:

• Avoir configuré un mot de passe iRODS dans le système de gestion des comptes MCIA
• Avoir configuré le client iRODS sur Curta:
  

  module load irods/mcia2
  iinit
  

A l'issue de ces commandes, vous pouvez effectuer des commandes irods telles que ils, icd, iget, iput, ...

Utilisation d'iRODSFS¶

Montage¶

le module irodsfs permet de faire un montage de l'espace de stockage iRODS-v2 dans un répertoire de la frontale de Curta.

module load irodsfs

irodsfs-mount.sh

Par défaut cette commande effectuera un montage Fuse des répertoires iRODS dans votre répertoire ~/irods

Vous pouvez ensuite parcourir l'ensemble des répertoires autorisés sur iRODS comme s'il s'agissait de répertoires linux (avec les commandes cd, ls, etc...)

Vous trouverez votre répertoire irods /MCIA/home/<user> dans ~/irods/<user>

Notes:

• Si vous le souhaitez, vous pouvez fournir un nom de répertoire en argument à irodsfs-mount.sh pour que celui-ci soit utilisé comme point de montage à la place de la valeur par défaut (~/irods).
• De la même manière, vous pouvez changer la valeur par défaut en définissant la variable IRODSFS_MOUNTPOINT dans votre environnement (dans votre ~/.bash_profile par exemple)

Démontage¶

Il est important de démonter iRODSFS avant de terminer votre session sur la frontale en utilisant la commande:

irodsfs-umount.sh

Précautions¶

• le répertoire ~/irods (ou celui que vous passez en argument à irodsfs-mount.sh) doit être vide pour pouvoir être utilisé pour le montage irodsfs
• Il est déconseillé d'utiliser les commandes iRODS en même temps que le montage irodsfs car celui-ci a un mécanisme de cache qui peut entraîner des corruptions de données
• De la même manière, il est déconseillé de terminer sa session ssh sur la frontale sans avoir démonté irodsfs

Limitations¶

• irodsfs n'est pas aussi rapide que GPFS. Cependant, iRODS permet de stocker plus de données que sur l'espace FS Home et les données ne sont pas supprimées comme sur FS Scratch
• irodsfs n'est pas accessible depuis les nœuds de calcul. Pour tout accès iRODS dans un job, il faut utiliser les icommands
• Pour la manipulation de grands fichiers, il est recommandé d'utiliser les ICommands au lieu d'irodsfs